我國少年事處理件法(下稱少事法)之立法精神為保障少年健全之自我成長，調整其成長環境，並矯治其性格，基於此理念，我國在設計少年事件處理制度時，對於少年所犯過錯，非以 懲罰為目的，而係格外注重對於少年之保護及教育，除罪刑重大且有必要之情形下，才轉由刑事介入，即少年事件之處理應秉持保護及教育優先之精神，而此與刑事案件大有不同。 因此，少年事件犯罪的司法處理流程主要分為下列階段：
(一)移送階段：
少年或兒童觸犯法律，或有犯罪之虞之少年，可經由二種方式進入司法體系。 一是經由警察機關查獲，移送至少年法庭；二是被害人或一般人發現有犯罪事實，可以主動向法院申報。
(二)調查階段：
調查階段並不是由檢察官負責，而是交由地方法院少年法庭受理案件並進行調查，通常分案字號為「少調」。法官會將案件交給少年調查官進行調查。少年調查官調查的範圍除了調查犯罪事件的過程外，另外還包括少年的身心狀況、家庭情形、教育程度等。這些調查結果，少年調查官都會製作成書面報告提供法官，以作為審理的參考。
在此階段，如果法官依少年調查官調查的結果，認為情節輕微，以不付審理為適當的話，可以做出不付審理的裁定，並為下列處分：1.告誡。2.交付少年之法定代理人或現在保護少年之人嚴加管教。3.轉介福利、教養機構、醫療機構、執行過渡性教育措施或其他適當措施之處所為適當之輔導。如果法院做出不付審理的裁定，表示少年事件到此階段，就到一個段落。 但是如果法院依調查之結果，認為應付審理者，應為開始審理之裁定。
此外，為了保障少年的權益，少年或少年之法定代理人或現在保護少年之人，在少年事件中可以隨時為少年選任輔佐人。選任非律師為輔佐人者，應得少年法院之同意。不過如果少年的非行內容為最輕本刑為三年以上有期徒刑之罪，而且沒有自行選任輔佐人的話，少年法院就會為其指定適當之人輔佐少年。其他案件認有必要者亦同。
另外，如果法院認為有必要，也可能在此一階段裁定將少年予以收容，其原因可能係因家庭對少年的拘束力薄弱，法院希望藉由收容達到警惕的效果，或是為阻斷少年與不良朋友連繫等等。因此，承審法官會依照個案情節，斟酌給予合適之處分，藉此約束少年，避免再犯。
(三)審理階段：
進入審理程序後，法官便依據調查所得的資料，如法官認定有交付處分的必要，裁定給予少年一定的保護處分；但若認為少年觸犯刑罰法律，且犯最輕本刑為5年以上有期徒刑之罪者、或事件繫屬後已滿20歲者，就會裁定移送於有管轄權之地檢署檢察官，此時案件會再轉到地檢署，由檢察官負責偵查起訴，通常會簽分「少偵」字，等到檢察官將案件起訴後，才會再回到法院進行審理，通常簽分「少訴」，此時將由法院審理決定少年應負的刑事責任。
(四)執行處分階段：
所謂保護處分在少年事件處理法第42條分別規定了4種不同的態樣，主要是由「少年保護官」執行。
1、訓誡，並得予以假日生活輔導
訓誡由法官執行，同時會通知少年的法定代理人或現在保護少年之人及輔佐人到場，並以開庭的形式告誡少年法律常識及應注意的事項，通常一次即可結束。
如另被裁定「假日生活輔導」，少年就必須依照少年保護官指定的日期到法院報到、參加團體課程或勤勞服務等，假日生活輔導的次數約為三次至十次 、勞動服務的次數則由少年保護關視輔導的成效而定。
2、交付保護管束並得命為勞動服務
保護管束由少年保護官執行，執行期間為6個月以上、3年以下。 保護管束期間內，少年應保持穩定正常的生活作息，遵守法律規定，否則若違反應遵守事項，將可能受到勸導、留置觀察等輕重有別的處罰，最嚴重的甚至可能被撤銷保護管束。而被撤銷保護管束後，所剩餘的期間就得交付感化教育繼續處理。
3、安置輔導
針對特殊家庭背景、教養環境之犯罪少年，法官可能裁定交付安置於適當之福利教養機構，期間為2個月以上、2年以下。此後，若認有繼續安置輔導之必要者，得聲請少年法院裁定延長，延長執行之次數以1次為限，其期間不得逾2年。
4、感化教育
過去的感化教育，是在「少年感化院」執行；現在則改在「少年輔育院」或「矯正學校」執行，期間為6個月以上、3年以下。此時少年將受到監禁，會失去自由，但同時也能強迫學習、矯正犯罪。 執行感化教育已逾6月，認無繼續執行之必要者，得由少年保護官或執行機關檢具事證，聲請少年法院裁定免除或停止其執行。停止感化教育之執行者，所餘之執行時間，應由少年法院裁定交付保護管束。
(五)少年刑事案件特殊規定：
少年刑事案件主要是指依少年事件處理法第27條第1、2項移送至檢察官調查之案件。此時，如果檢察官依偵查結果，認為少年是犯最重本刑5年以下有期徒刑的罪，而且參酌刑法第57條有關規定，認為個案少年適合給予不起訴處分而受保護處分的話，可以做出不起訴處分，並移送少年法院依少年保護事件審理；但如果檢察官認為應起訴的話，就要向少年法院提起公訴，並由法院作出刑事判決，決定少年應付之刑事責任（例如：罰金、拘役、有期徒刑等）。 然而針對少年刑事案件可以注意下列特別規定：
1.特別免刑規定：
少年犯最重本刑十年以下有期徒刑的罪，如果有顯然值得憐憫或宽恕的情形，依照刑法第 59 條減輕其刑仍然過重時，法院可以免除其刑，而為諭知下列保護處分：
(1)保護管束，並得命勞動服務。
(2)安置輔導。
(3)感化教育。也可以同時為接受禁戒、治療的附屬處分。
2.刑罰種類的限制：
對少年不可以宣告死刑、無期徒刑、褫奪公權及強制工作。
3.放寬緩刑要件：
對受三年以下有期徒刑、拘役或罰金宣告的少年，法院可以依刑法第 74 條規定給予緩刑。（少年事件處理法第 79 條、刑法第 74 條）
4.放寬假釋要件：
少年受徒刑執行而可證明其已真心悔改時，可以在有期徒刑逾執行期三分之一後，予以假釋。（少年事件處理法第 81 條）
(五)結語
最後，基於保護少年的立法目的，有關少年事件的裁判書，基本上是不會公開，而且任何人也不能在網路、報章雜誌等媒體公開少年事件的資料。另外，少年事件的紀錄，在符合一定要件下，也可以視為未曾受過裁判的宣告，以及要把紀錄塗銷；換言之，日後有申請良民證時，上面不會有少年時期的紀錄，同時若成年後再有其他刑事案件，也不會影響爭取緩起訴或緩刑的機會。